Глубокий космос. Камера опускается в центр космического сражения. Почти весь флот сепаратистов собрался на орбите столицы Республики – Корусканта. От результатов этой битвы зависит не только судьба планеты-города, но и исход Клонических войн. Но это еще не все: на борту флагмана сепаратистов находится похищенный Верховный Канцлер Палпатин. Продемонстрировав свои невероятные способности в пилотировании, Энакин Скайуокер возглавляет группу спасения. Энакин уже не падаван – теперь он рыцарь, и война не только наделила его боевым опытом, но и оставила шрам на лице. Проникнув на корабль, он вместе с Оби-Ваном и несколькими Джедаями начинает пробираться к капитанскому мостику. Путь воинам света преграждает киборг – Генерал армии сепаратистов Гривус. Гривус, будучи машиной, созданной специально для уничтожения Джедаев, оказывается помехой для группы спасения. Его навыки в фехтовании сравнимы с мастерством самого генерала Кеноби. Однако, киборг проигрывает битву и вынужден скрыться.

Тем временем Энакину удается добраться до капитанского мостика. Там он застает Графа Дуку и Канцлера Палпатина, который восседает в кресле, прикованный наручниками. Избранный вступает в сражение с Дуку. Последний проигрывает, и Скайуокер, нарушив Кодекс, убивает его.

Из-за повреждений флагман теряет управление и начинает падать на поверхность планеты. Энакин берет управление в свои руки и максимально смягчает посадку. Со всего корабля спасутся только трое: Скайуокер, Кеноби и Палпатин.

После того, как все будет кончено, Энакин сможет насладиться объятиями своей любимой жены Падме Амидалы. Она беременна, как думает Энакин, одним ребенком.

Позже Скайуокер предстанет перед Советом Джедаев, но вместо похвалы герой будет выслушивать лишь упреки. Кроме того, на поиски бежавшего Гривуса будет направлен не он, а Оби-Ван. Для окончательной победы в войне Республике остается уничтожить последний оплот сепаратистов – их базу на планете Кашиик. Туда направится сам Магистр Йода.

Верховный Канцлер Палпатин, кажется, единственный, кого впечатлили боевые заслуги юного Скайуокера. Он назначает Энакина своим телохранителем.

Падме Амидала, Бэйл Органа, МонМотма и еще несколько сенаторов на аудиенции Канцлера напоминают ему, что война подходит к концу, и что ему пора снять с себя экстренные полномочия и отказаться от абсолютной власти. Палпатин не соглашается с сенаторами. Образуется политическая оппозиция, первое собрание руководителей которой проходит в покоях Падме Амидалы.

Тем временем, Оби-Ван выслеживает Гривуса. Ему приходится участвовать в погоне, в которой киборг скрывается на уникальном транспортном средстве, а Оби-Ван догоняет его на спине ящерообразного существа, живущего на этой таинственной планете. В итоге между Оби-Ваном и Генералом Гривусом разворачивается дуэль.

В это время на Кашиике кипит грандиозное сражение между армией сепаратистов и войсками Республики под командованием Магистра Йоды. Республика уверенно приближается к победе.

На Корусканте перед сенатом Палпатин провозглашает себя Императором. Мэйс Винду, узнав об этом, направляется к нему в рабочий кабинет, чтобы разъяснить обстановку. В ходе разговора между Магистром, Императором и его телохранителем выясняется истинная личность Императора и открываются его Ситские начала. Теперь уже четко ясно, что Дарт Сидиус и Палпатин – это одно лицо! Выясняется, что вся война была тщательно спланирована, что он вовсе не был похищен, а добровольно поднялся на борт корабля со своим последователем Владыкой Тиранусом, известным как Граф Дуку. Кроме всего прочего, Энакин принимает важнейшее решение: он переходит на Темную сторону Силы.

Мэйс пытается нанести по Сидиусу удар мечом, но Скайуокер ставит блок перед самым лицом Императора. Дуэль между Избранным и Магистром будет жестокой, но Винду не сможет противостоять юному Ситу. Смерть темнокожего Джедая ознаменует окончательный переход Энакина на путь Тьмы. Сразу после этого новоявленый Император направляет своего нового ученика на первое задание – уничтожение Храма Джедаев!

В это же время Палпатин отдает приказ клонам, которые сражаются за Республику по всей Галактике, уничтожить своих генералов Джедаев. Клоны, в генетике которых заложено беспрекословное подчинение Палпатину выше все других директив, разворачиваются и начинают уничтожать Джедаев на множестве планет.

Кеноби одерживает победу над Гривусом: по иронии судьбы киборг падет от выстрела из собственного бластера, а не от клинка светового меча. Вернувшись к своим войскам Оби-Ван обнаруживает, что те обернулись против него. Ему приходится убить своих подчиненных. Особенно трагичной становится утрата коммандера Коди, с которым Оби-Ван очень много пережил на войне.

На Кашиике зеленокожему Магистру тоже не приходится отдыхать – против него восстала целая армия клонов. Йода в очередной раз демонстрирует свои навыки владения световым мечом.

Скайуокер входит в Храм. Обитель Ордена рыцарей Джедаев, как обычно, погружена в атмосферу мудрости и спокойствия. Но Избранный вместе со взводом отборных солдат навсегда разрушает эту ауру. Погибают все Джедаи. В то время, как Энакин вырезает Джедая за Джедаем, Палпатин с меланхоличным видом смотрит оперный спектакль. Никто из Джедаев в Храме не выживает, даже самые-самые юные...

Следующим заданием Энакина становится уничтожение лидеров сепаратистов, в которых Сидиус больше не нуждается. Они скрываются на планете Мустафар. Перед отлетом Скайуокер разговаривает с Падме. Он говорит ей, куда направляется, и убеждает, что после возвращения все будет по-новому и они будут жить счастливо. Падме не верит его словам.

Йода доблестно сражается против клонов, но даже Магистр не может уничтожить целую армию! Когда Магистр будет вынужден отступить, его спасителями станут жители Кашиика – вуки. Джедая спасет небольшой отряд вуки во главе с Чубаккой.

Йода возвращается на Корускант, чтобы выяснить, что же произошло с его клонами. Там, в развалинах Храма он встречает Оби-Вана, который вернулся по тем же причинам. Встретившись в Храме, Джедаи находят запись тех зверств, которые учинил Энакин. Оби-Ван отправляется за учеником, чтобы остановить его, а Магистр Йода пытается остановить Палпатина.

Кеноби знает, с чего начать поиски. Он направляется к Падме и просит ее помочь. После долгих колебаний они оба отправляются на Мустафар.

Йода находит Палпатина в разрушенном Храме. Их бой, который не обходится без световых мечей, проходит в самых разных местах бывшей обители Джедаев. Палпатин одерживает верх, однако Йода успевает ускользнуть. Ему на помощь приходит Бэйл Органа, который эвакуирует Магистра на своем корабле «Тантив IV».

Когда Оби-Ван и Падме прилетают на Мустафар, Энакин добивает последних сепаратистов в их убежище, построенном у основания вулкана. Между главными героями завязывается разговор. Энакин обвиняет Падме в том, что она привела с собой Оби-Вана, и в ее «необъективных» политических взглядах. Прийдя в ярость, он хватает Падме с помощью Силы и начинает ее душить. Оби-Ван бросается на помощь женщине, и Энакин вынужден отбросить жену в сторону, чтобы защититься.

Завязывается дуэль между учителем и учеником. Этот пафосный и зрелищный бой начинается в помещениях базы, но медленно перемещается все ближе и ближе к потокам лавы. В итоге Кеноби удается побороть ученика, проявив боевую хитрость. Он вырубает из под Энакина ноги, отправляя Скайуокера в огненный поток!

Оби-Ван, подобрав меч бывшего ученика, спешит на помощь раненой Падме. Оба они оказываются спасены Бэйлом Органой и Йодой, вовремя прибывшими на «Тантиве IV».

Но Энакин не погибает, его подбирают подчиненные Палпатина, хотя то, что от него осталось, не может долго жить без системы жизнеобеспечения. В течение нескольких дней над его спасением работают лучшие дроиды новой Империи.

После побега с Мустафара «Тантив IV» вынужден совершить экстренное приземление на неизвестной планете. У Падме начались преждевременные роды. Из-за увечий, полученных в результате падения, она в очень плохом состоянии. Падме рожает двойню и вскоре умирает. Магистр Йода, Оби-Ван и Бэйл Органа присутствуют при этом. Позже Йоду высаживают на заброшенную планету Дагоба в далеком уголке Галактики. Бэйл решает взять одного из детей Падме себе – он удочеряет девочку Лею.

Фигура, закутанная в плащ, идет по Татуинской пустыне, неся в руках младенца. Бывший рыцарь Джедай, генерал Оби-Ван Кеноби появляется на пороге влагодобывающей фермы Оуэна Ларса и его жены Беру. Он рассказывает им историю Энакина и просит воспитать его сына. Фермеры возьмут Люка и будут воспитывать своего племянника, а рыцарь поселится неподалеку, чтобы всегда быть на страже и ждать того дня, когда сын героя вырастет, чтобы самому стать героем...

Энакин просыпается в медицинской комнате, он облачен в темную броню. Его тело теперь почти целиком состоит из искусственных частей, он скорее машина, чем человек. На лице у него черная маска. Теперь это Дарт Вейдер. Перед ним стоит его новый повелитель – Император Палпатин.

На планете Набу проходят похороны Падме Амидалы.

На мостике имперского «звездного разрушителя» Дарт Вейдер, Император Палпатин и капитан Таркин с восторгом наблюдают за началом строительства нового сверх-оружия Империи – «Звезды Смерти»...